九寨溝縣原名南坪縣，古稱羊峒，殷商以前至秦均屬氐羌。經考古調查，除草地、永和鄉之外，其他鄉鎮均發現新石器時代遺址，可將九寨溝縣歷史上溯至五千年以前。

一、九寨溝縣歷史沿革：

　　大禹時屬梁州的西北境，西漢王朝建立后，在四川北部設廣漢郡，下屬十三縣，其中的甸氐道就是今天的九寨溝縣境內，甸氐道設置是九寨溝縣有史可考的最早行政管理機構，說明在2000多年前，九寨溝縣及周邊少數民族地區納入到漢王朝的版圖。

　　公元566年（北周武帝天和元年），吐谷渾可汗之子、龍涸王莫昌率眾歸附北周，北周以其地為扶州（今松潘黃龍鄉），置扶州總管府，公元587年（隋文帝開皇七年）廢鄧州，改置扶州，將扶州由松潘黃龍鄉遷至今九寨溝縣安樂鄉下安樂村（舊稱水扶州）。

　　隋歷唐至元、明，皆為扶州，城垣毀于清初“帕納皇帝”之亂，雍正三年，清政府決定設立松潘廳南坪營，因扶州城毀壞，于是另選城址于扶州之南、西山之麓的南坪壩，至雍正七年筑成。

　　1949年12月16日南坪和平解放，1953單獨建縣，1998年更名為“九寨溝縣”。

　　20世紀60年代以前九寨溝內只有驪道及各山間小道，藏民過著自給自足的生活，很少與外界交往，因而九寨溝一直不為人知。

　　1966年大隊人馬開進九寨溝，開始砍伐森林，九寨風光面臨毀滅的危險。

　　1978年11月30日有關部門下令停止在九寨溝采伐木材。

　　1978年12月15日國務院正式下達文件，批轉國家林業總局《關于加強大熊貓保護、馴養工作的報告》，批準建立九寨溝國家級自然保護區。

　　1979年進駐九寨溝的兩個林場遷出。1980年九寨溝自然保護區管理處成立。

　　1982年國務院批準九寨溝為國家級風景名勝區。

　　1984年九寨溝風景名勝區管理局成立。

　　1990年進溝旅游人數突破15萬，其中外賓和港、澳、臺游客逾7000人。

　　1992年12月14日經聯合國教科文組織世界自然遺產委員會全委會第16屆大會表決一致通過，將九寨溝列入《世界自然遺產名錄》。

　　1998年6月更名為九寨溝縣，縣城置永樂鎮。