根據扁形動物的形態特征和生活方式的不同，本門動物可以分為以下3個綱:
折疊渦蟲綱
是扁形動物中最原始的類群，體表被纖毛，腸道較發達，體長5mm至60cm，已知約4000種，多數營自由生活。海洋生活的如旋渦蟲Conv01uta schultrei;淡水中生活的如真渦蟲Dugesia(Euplanaria);少數種類在陸地潮濕土中生活如土笄蛭渦蟲Bipariu1nmkewense。
折疊吸蟲綱
成蟲體表無纖毛，腸道較簡單，通常有口吸盤和腹吸盤等吸附器官。已知約6千種，均營寄生生活，生活史復雜，包含1~2個中間宿主。如寄生在人體門靜脈內的日本血吸蟲Schistos0ma jap0nicum，給人體以極大的危害，此外尚有寄生在人體肝臟的華枝睪吸蟲Clonrchus sinensis;寄生在人體肺內的魏氏并殖吸蟲Parag0nimus westermani等。
折疊絳蟲綱
成蟲體表無纖毛，消化系統包括口和腸等全部退化消失，成蟲一般作長帶狀，由多數節片組成，有吸盤和鉤等附著器官，已知約有3千4百種，全為營體內寄生生活，寄生在脊椎動物的腸道等器官內，為高度營寄生生活的類群。如豬帶絳蟲Taenia solium和牛帶絳蟲Taenia saginatus。
總結渦蟲綱自由生活，多數生活在潮濕環境或者水里。其他兩綱生物基本都是選擇寄生。