凱利遭到了起訴，他被指控預謀殺害了102個越南平民。審判定于1970年11月，在佐治亞州的本寧堡軍事法庭舉行，由一名軍事法官主持，陪審團由6名陸軍軍官組成。審判持續了4個月。僅篩選陪審員就花了3天，這主要是因為大多數陪審員候選人都承認他們支持凱利，他們對政府的指控懷有偏見。一位陪審員候選人說：“我覺得似乎有人想陷害某些人。”另一位說，他認為起訴凱利不對。一名上校說：“在那里，我們從不知道誰是敵人，真的。”由于對凱利表現出同情，對政府的起訴表現出敵視，有25名軍官被免除了擔任陪審員的資格。審判開始前，凱利嘲諷地說道：“這是真的：在1968年3月16日凌晨，我和中士們一起守夜，然后是我策劃去殺死美萊村的那些人。是我給彈夾裝上了子彈，天哪，你還能怎樣預謀呢？當然，在越南，我們將其稱之為突擊戰?！逼鹪V方有62名證人，被告方有44名證人。沒有來自美萊村的證人向法官陳述。起訴方一個接一個地傳喚證人來描述凱利在美萊村犯下的殘忍罪行。被告方則爭辯說，凱利只是軍隊的替罪羊，大屠殺的責任應當由麥迪那上尉來承擔。有幾個士兵為凱利作證，他們告訴法庭，是麥迪那下令殺死越南平民的。被告方還傳喚了兩名心理分析醫生，醫生證明凱利缺乏預謀殺害越南平民的心智能力。兩名醫生都證明，凱利當時承受著巨大的精神壓力，再加上他有限的智力狀況和心理結構，他不可能控制這樣大型的屠殺。隨后，其中一名醫生被取消了證人資格，因為主持審判的法官對他證詞的真實性表示懷疑。凱利也為自己進行了辯護。在直接詢問中，他承認自己在美萊村槍殺了幾個越南平民俘虜。但是，他堅持說他是執行麥迪那上尉的命令，他還否認那天他殺死了102個平民。凱利明確表示說他“毫無悔意”。他說，至少在5個不同的場合，麥迪那都曾告訴過他，美萊村的所有居民都得鏟除，因此他執行了那些命令。凱利還說，他從未懷疑過麥迪那的命令是否合法，而且，他過去曾經，將來也會為在麥迪那上尉手下服役而感到驕傲?？墒?，對被告方最具殺傷力的一個證人，就是麥迪那上尉。走進法庭時，他和凱利相互點頭，并相互致以簡短的問候：“嗨！你好嗎？”接著，麥迪那作證說，他從未下令殺死越南平民。當被問及是否應該殺掉平民時，他進一步作證說：“不，不能殺死婦女和兒童，你們得有點情理。你們可以反擊他們，但必須有點情理。”此外，麥迪那還聲稱，屠殺一開始，他就向地面部隊下令，不要殺死任何赤手空拳的平民。麥迪那說，屠殺發生后兩天，他遇到了凱利，并且問過他是否有暴行發生。麥迪那引用凱利的話說：“天哪，我現在還能聽見慘叫聲?！辈贿^，法庭認為這是句不能采納的自白，所以，這句話被從法庭記錄中勾銷了。麥迪那走下證人席時，轉身向法官敬了一個禮，然后看也沒看凱利，就走出了法庭。就在陪審團退庭準備商議時，凱利提出了他最后的請求。他說，軍隊從未告訴過他，他的敵人也是人。他強烈要求陪審團對此予以理解。美萊村大屠殺之后3年零2周，軍事陪審團判決威廉·凱利中尉因謀殺102個越南平民有罪。他被判決處以終身苦役。1974年，凱利的終身苦役被減為10年。本來，軍事上訴法庭下令把凱利拘禁在本寧堡的軍事監獄里。但尼克松總統解除了那項命令，要求把凱利軟禁在一幢公寓里。凱利在他的公寓里呆了3年就被釋放了。與大屠殺有關的30多個人都接受了調查。其中有些人——包括麥迪那——上了軍事法庭，麥迪那起初也被指控謀殺了102個越南平民。然而，這個指控后來也被減為一項謀殺一名越南婦女的謀殺罪，而且，最后他也被宣布免受處罰。凱利是唯一因大屠殺而被監禁的人。這個案子只是美國在越戰中所犯的罪行中的一個代表而已，而且從審判結果可以看出，審判只是在走過場，為了給外界一個交待罷了。不過此案中的關鍵人物—休·湯普森少尉的表現，還是讓人看到了殘酷戰爭中人性光輝的閃現。