日本國土比較狹長，從南到北溫差其實也算蠻大的，我在不同季節都去過日本，除了北海道東北那邊，像沖繩島、九州（例如福岡、長崎、別府、由布院、鹿兒島、熊本）、本州地區（例如東京、大阪、京都、奈良、神戶）、四國地區（例如高松、松山、瀨戶內海各個小島以及山陰山陽的岡山鳥取那邊）可能都會面臨陰雨狀態，就連東北北海道那邊都很有可能會下雨，所以端午節去日本，從方便的角度上來說，不是一個好的選擇，除非你非常的喜歡下雨天在古都、街道等地漫步，像我有個朋友就是，最愛下雨的時候走在日本街頭小巷，雖然我是無法理解這份心情，但是我也將她歸結為浪漫噠文藝小青年吧。這個時候本州等地的雨水較九十月份的雨水的好處就在于，通常都是綿綿細雨，沒什么臺風，我最怕九十月份那種雨了，有時候都能將雨傘吹壞。

今年端午在五月末，有別于五月初的日本各種假期，這個時候住宿相對好訂很多，例如我今年五月底也要去日本東北的仙臺，朋友是五月初過去，她訂住宿就比我困難很多，價格也要貴出近一倍來。至于國內過去的人流，應該都是差不多的，機票價格也會差不多，以我往年的經驗來看，差別不大。

相比春天去日本看櫻花、夏天去日本看?？锤鞣N夏日祭、秋田去日本看銀杏紅葉、冬天去日本輕井澤高山北海道等地看雪，端午期間的日本景色確實沒有那么出名，但是有紫陽花啊，也就是我們常說的繡球花，紫藤花五月下旬應該是沒有了，所以通常就是看繡球花的時候，在九州、四國、本州等地都有很多地方可以看繡球花，例如四國地區高知縣四萬十川那邊的安並水車の里 、本州地區鐮倉古都等等，都是繡球花勝地。

我不清楚你的出發地是哪里，如果不是上海，去四國、山陰山陽等地相對都會比較麻煩，很多地方去九州地區的飛機也不多，考慮到日本國內的交通也是蠻貴的，你出發的城市若是以飛東京大阪的航班居多的話，推薦你去東京吧，游樂場有迪斯尼、富士急樂園等等，溫泉可以考慮伊豆、鬼怒川、箱根、河口湖等等，購物就不用說了東京算是日本乃至亞洲最繁華的購物圣地了，古建古都可以去日光、鐮倉等地，鐮倉的明月院更是紫陽花圣地，我去仙臺的時候因為是東京往返的，所以我今年也依然會去一下鐮倉看紫陽花，鐮倉還是很好的一個地方的，我每次去東京都會去一次，很近。
東京去輕井澤也很方便，今年的《四重奏》熱播之后相信去輕井澤的游客會更多了，東京坐新干線過去一個多小時，很多日本人也會選擇夏天去輕井澤避暑。