東南亞大部分地區屬于溫暖潮濕的熱帶地區，其氣候通?？梢员幻枋鰹榧撅L氣候。東南亞的動物種類繁多；在婆羅洲和蘇門答臘島上，還可以看到猩猩、亞洲象、馬來貘、蘇門答臘犀牛和婆羅洲云豹。該地區存在六種熊或熊貓亞種，但巴拉望島特有的一種現在被歸類為易受傷害。

東南亞氣候以熱帶為主，終年濕熱，雨量充沛。越南北部以及老撾和緬甸的山區是東南亞唯一具有亞熱帶氣候的地區，冬季較溫和，最高氣溫低至 20°C 或 68°F。

由于風或季風的季節性變化，東南亞的大部分地區都有雨季和旱季。熱帶雨帶在季風季節造成額外降雨。熱帶雨林是地球上第二大熱帶雨林（亞馬遜熱帶雨林是最大的）。這種熱帶雨林氣候和植被的例外情況是：

北部地區的山區和較高的島嶼，高海拔導致溫度較低

緬甸中部的“干旱區”位于阿拉干山脈的雨影中，年降雨量可低至 600 毫米或 24 英寸，在盛行的高溫下，干燥到足以達到半干旱的程度。

東南亞是世界上最容易受到氣候變化影響的地區之一。?氣候變化將對東南亞的農業產生重大影響，例如灌溉系統將受到降雨和徑流變化的影響，進而影響水質和供應。

氣候變化也可能對東南亞的漁業構成嚴重威脅。盡管東南亞國家是世界上受氣候變化影響最脆弱的地區之一，但在減緩氣候變化的措施方面卻落后。

動物

在蘇門答臘島（蘇門答臘虎）、馬來西亞半島（馬來亞虎）和印度支那（印度支那虎）發現了三種不同亞種的老虎；都是瀕危物種。

科莫多巨蜥是現存最大的蜥蜴物種，棲息在印度尼西亞的科莫多島、林卡島、弗洛雷斯島和吉利莫唐島。

菲律賓鷹是菲律賓的國鳥。它被科學家認為是世界上最大的鷹，并且是菲律賓森林的特有種。

野生的亞洲水牛，以及各個島嶼上與水牛有關的矮種水牛，如阿諾阿，曾經在東南亞廣泛分布；如今，國內的亞洲水牛在該地區很常見，但其剩余的親屬卻很少見且瀕臨滅絕。

鼠鹿是一種像玩具狗或貓一樣大的小獠牙鹿，主要分布在蘇門答臘島、婆羅洲（印度尼西亞）和巴拉望群島（菲律賓）。野牛是一種比野生水牛還要大的巨大野牛，主要分布在印度支那。關于東南亞兩棲動物的科學信息很少。

綠孔雀和卷尾鳥等鳥類生活在這個遠至印度尼西亞的次區域。鹿豚，一種四牙豬，也可以在印度尼西亞找到。犀鳥因其喙而備受珍視，并用于與中國進行貿易。犀牛角，不是它頭骨的一部分，在中國也很珍貴。