首先要更正問題里一個錯誤，鄭成功的黑人部隊，最早來自他的父親鄭芝龍，并不是到臺灣以后才組建。除了黑人部隊外，鄭成功父子還招募過白人和日本人士兵。

明末時期，雖然明朝政府對于對外交流興趣不大，但是隨著東南亞西方殖民地的出現，特別葡萄牙人在澳門立足，還是不可避免的讓雙方發生了交流。而在澳門的葡萄牙人，因為和荷蘭人一直不和，所以很多家庭有武裝奴隸，其中有相當數量的東非黑人。

這些黑人奴仆地位較低，因此有很多逃亡事件。而逃亡的黑人因為受過一定的軍事訓練，會使用西方的火繩槍，因此有不少就被沿海的海商們招納，其中鄭芝龍就招募了一批黑人充當自己的衛隊，其數量一直保持在300人左右，其隊長叫路易斯·德·瑪托斯。

除了黑人衛隊，鄭芝龍還利用當時日本國內基督徒受歧視的機會，招募了幾百名基督徒日本士兵，組建了一個日本人衛隊。

鄭芝龍的黑人衛隊和日本人衛隊，由他招募的葡萄牙教官按照西方的方式進行武裝和訓練，擅長使用火槍。鄭芝龍收留這些黑人和日本人，是因為他們在中國沒有依靠，不用擔心他們叛變。而這些黑人和日本人也確實作戰很勇敢。

鄭芝龍被清軍捉走后，這些黑人和日本人有相當部分歸順了鄭成功，并且在鄭成功的歷次戰斗中都表現出色。在鄭成功收復臺灣之戰時，他手下的黑人士兵還主動和荷蘭人軍中的黑人士兵聯系，勸說他們投降。因為荷蘭人對黑人士兵比較歧視，因此在勸說下，有不少荷蘭黑人士兵出城投降，也參加了鄭成功的軍隊。

這些黑人士兵后來大部分在臺灣定居，不過到康熙年間，他們大多已經離世，因此并沒有并入清軍。