您好，感謝邀請。
1）關于行程
您的行程總體不錯，個別地方稍加調整一下會更完美。
D2：順序調整為南京博物院—總統府—東南大學四牌樓校區，南師大隨園校區毗鄰先鋒書店五臺山店，所以調整到D4下午或D5的上午。另外，南博內可以看的地方比較多，如果細細品味至少要花4個小時以上，所以東大也可和雞鳴寺那天放在一天，兩者只有一站路距離，可以通過公交304路銜接。
D3：這天的行程均在鐘山風景名勝區內，主要景點都有內部交通銜接。建議中山陵、明孝陵和靈谷寺三選二，音樂臺和美齡宮均與中山陵靠的不遠，美齡宮很推薦。
D4：行程順序調整為：雞鳴寺—玄武湖—獅子橋美食街。如果感興趣，還可以在雞鳴寺游覽完登上臺城，然后再從旁邊的解放門進入玄武湖。游覽至玄武湖的正門—玄武門，然后步行至獅子橋美食街。

2）推薦酒店：
A金太隆國際酒店：
靠近地鐵二號線大行宮站和一號線新街口站，樓下就有好幾家餐飲，包括對面的全民健身中心內和旁邊的游府西街內也有。在酒店對面就是公交站臺，很是方便。酒店距離新街口、總統府等都只有一站路。附近有家樂福超市。酒店環境很好，價位一般在300元左右每晚。
B古南都明基酒店：
距離玄武湖景區正門只有幾百米，門口有地鐵一號線和多路公交，位置在玄武湖公園和獅子橋美食街之間，對面有金茂匯，內有南京大牌檔等多家餐飲和小吃供您選擇，金茂匯負一樓有北京華聯的BHG超市。酒店隸屬于歷史悠久的古南都集團，各方面都還不錯。價位在250元左右每晚。
C南京新紀元大酒店：距離南京大學鼓樓校區700米左右，位于地鐵一號線珠江路站和鼓樓站之間（靠珠江路站貌似更近一點）。酒店外賣部的糕點和熟食都很好吃。附近的丹鳳街有金潤發超市和很多小吃?？拷戏宕髲B、江蘇廣電荔枝廣場、金鷹天地等，購物和餐飲配套集全。門口步行5分鐘有多路公交，交通便捷。價位在230元左右。

南京的酒店眾多且各種類型和檔次的都有，推薦三個供您參考，一般靠近地鐵的都比較方便。如果還有問題歡迎隨時再交流。

3）南博或總統府至東南大學四牌樓校區及南京師范大學隨園校區的交通：
公交201路至中山門站（南博）、總統府站（總統府）、四牌樓站（東南大學四牌樓校區）；如果到南師，在總統府換乘公交3路南陰陽營即可。

4）推薦其他南京有代表性的景區
A明城墻：正在聯合其他城市的古城墻申遺中，春節期間，各主要城墻上都懸掛了春聯，很是喜慶
B頤和路：南京最美的民國路
C濱江風光帶：中山碼頭附近，靠近獅子山閱江樓景區
D愛國主義教育基地：侵華日軍南京大屠殺遇難同胞紀念館和雨花臺烈士陵園

5）推薦南京的舊書店和舊書市：
楊公井的古籍書店，原址是老的中華書局。
南大宿舍區附近的廣州路上有一兩家舊書店，不知道現在還在不在。以前朝天宮附近有，現在好像也遷走了。另外南京有24小時開放的南書房，只是春節期間要休息一段時間，不知您是什么時候來南京？還有位于武定門城墻內的書店—金陵書院，很有特色！

6）推薦每天行程中的特色小吃餐飲：
D1：蓮湖糕團店、永和園、奇芳閣
D2：總統府附近的1912歷史文化街區（中高檔餐飲為主）和科巷文昌巷內的鴻福面、福印板栗、酥燒餅等
D3：紫嵐里街區的奶酪時光、苜蓿園地鐵站旁的南京大牌檔、中山陵青年旅館的附屬餐廳
D4：獅子橋的天嘗里脊、雞鳴湯包、韓復興、小熊糖葫蘆
D5：南師大對面的金良酸菜魚和吳家生煎包

希望可以幫到您。如果還有什么問題，歡迎隨時追問。
祝您南京之旅開心！