主人公是東亞霸者之證的繼承人，由于擁有霸者之證的線索以致全家被殺害，一個人抱著塊木板在海上漂流，被林所救，因佩服他的意志而加入，故事開始了。

先在附近的馬尼拉寄港，給林看金銅的布錢，出港時曼努埃爾加入。到東亞，在京城和李朝水師結盟對付來島家，并知道了害死全家的是自己的叔父和來島，決心為父母報仇，向來島宣戰。勢力第一時得知泉州酒館有人找，在泉州，一個奇怪的老人給我去杭州遺跡紫禁城的鑰匙，在紫禁城得到唐代竹藝品。打敗來島后在大阪的船廠可以裝二層裝甲。這時帶著行久到長崎發生劇情，叔父被火燒死。去京城得竹藝品的組合說明書，得到科以倫的竹地圖，找到東亞的霸者之證殷代方形鼎。

去東南亞，碼頭的小伙子告訴我雅加達同業工會找我。在雅加達見到塞西莉亞，她委托我找她的父母并加入，得到太陽圓紋的刀鞘。在馬六甲，酒館收到弗里奧，普雷依拉要求我交一筆錢給他，拒付，不久他即向我宣戰。碼頭的小伙子讓我去吉阿丁的遺跡看看，得到古代王國錢幣。打敗普雷依拉后在海上遇到海盜襲擊，打敗他后寄港，去酒館得知海盜是庫恩雇來的，與庫恩宣戰。打敗他后在雅加達得裝有乳液的壺，得畢阿斯的貨幣地圖。

去印度洋，安曼出港時收格爾哈特，得到謝爾的消息。在馬斯利巴丹酒館與納哥普爾交戰，打敗他后在卡利亥特得到貴霜朝的大盤。在馬斯咯特，伍丁給我莫阿丁的天文觀測儀，條件是對付東非的埃斯皮諾沙。在地中海的亞歷山大酒館得知謝爾在遺跡金字塔里，去遺跡找到謝爾，回到印度洋，碼頭的小伙子讓我去卡利亥特遺跡，來回跑幾次卡利亥特和巴斯拉的遺跡，得到不枯萎的蓮葉，得梭倫的葉地圖，找到霸者之證薩爾貢的頭像。

去非洲，在摩加迪休酒館得知埃斯皮諾沙無惡不作，決心除掉他。索法拉進港與埃斯皮諾沙發生沖突，酒館他派人冒充伍丁對我下藥，向他宣戰。打敗他后在索法拉得到神秘石板上半部。開普敦寄港得知霸者之證線索在索法拉遺跡，在遺跡中得到神秘石板下半部（這里有個小游戲，先讓兩個老人過河，一個老人回來，林過去，老人回來，兩老人過去，一個老人回來，我過去，老人回來，兩個老人過去）。得貝利安德羅的石地圖，找到霸者之證羊頭獅身像。

希拉雷奧涅出港時弗里奧想起他在休達的酒館聽到過塞西莉亞的母親的消息。到休達的酒館得到紙條讓我們第二天再去，在旅館休息一天后去酒館得知塞西莉亞之母在里斯本。到里斯本母女重逢，得知塞西莉亞的父親在新大陸，決定去新大陸找他。把得到的霸者之證交給塞西莉亞的母親研究，我們去新大陸。

在委拉克路斯聽埃斯康特和林說起蒂雅，到馬拉開波遇到蒂雅，去波多韋羅蒂雅告訴我塞西莉亞之父的消息，并讓我和她同盟對付埃斯康特，我同意了。向埃斯康特宣戰，打敗他后在波多韋羅遇到塞西莉亞的父親，蒂雅邀請我們參加第二天的祭祀。去旅館塞父告訴我霸者之證的秘密在波多韋羅的遺跡中，出來參加祭祀得知王族舞步的跳法，去遺跡得到典禮用的小刀，得比塔科史的刀刃地圖，找到霸者之證契慕的斧頭。

回地中海，在里斯本阿博科魯克家的別墅，得知交給塞母的霸者之證讓巴魯迪斯搶走了，決定向巴魯迪斯宣戰。打敗他后在塞爾維亞奪回被搶走的霸者之證，并得到黃銅制煤油燈。在亞歷山大的遺跡得到畫有圖案的布，得庫雷歐布羅的布地圖，找到霸者之證阿葛曼儂的面具。

去北海，在南特酒館得知霸者之證線索，到倫敦王宮聽說英國王室決定將與克利福德相戀的公主克麗雅嫁給法國貴族，并有傳言說英國會派人冒充西班牙人殺死克麗雅公主，以挑起法國和西班牙的戰爭。在南特附近幫克利福德打敗冒充西班牙艦隊的英國艦隊，救出克麗雅公主，克利福德為感謝我送給我老舊的羊皮紙。勢力第一后倫敦碼頭的小伙子告訴我霸者之證的線索在漢堡教堂，在教堂得到紅色的染料（這里有個玩木偶的游戲，只要把女玩偶逼到四個死角即可）。得到泰勒斯的紙地圖，找到霸者之證哈爾舒塔的供品車。

找齊霸者之證后去任何一個港口的酒館里，決定先送塞西莉亞回父母身邊，在里斯本出港時得知他們在塞爾維亞，去塞爾維亞即可看到結局畫面。